Covid-19 : six mois et un confinement plus tard

En février dernier, nous avions interrogé les Professeurs de Médecine Patrice Cacoub et Philippe Halfon sur la naissance d’un nouveau virus apparu quelques mois plus tôt à Wuhan, en Chine continentale (consulter l’article ici). Ils nous ont alors expliqué ce qu’était la COVID-19, avant que le virus ne prenne l’ampleur que nous avons connue depuis. Plus de six mois et un confinement plus tard, ils reviennent sur l’évolution de la Covid-19 en France, et plus généralement dans le monde.

1. EPIDEMIOLOGIE, CONFINEMENT ET DECONFINEMENT

Êtes-vous en mesure de faire un bilan des mesures de santé publique prises dans le monde et en particulier en France ? Certains pays – l’Argentine – sont aujourd’hui encore confinés, ou se confinent à nouveau, comme en Israël.

Pour lutter contre la pandémie à COVID-19, les mesures de santé publique se sont adaptées à l’importance de l’épidémie locale et ont été dictées par des décisions politiques très disparates. L’OMS a été très critiquée sur la gestion de la crise à cause d’un retard de mise en garde par ses dirigeants. De ce fait, il n’y a pas eu de consensus de prise en charge : politique de test, disponibilité et port du masque, fermeture des frontières, disponibilité de respirateurs, consensus thérapeutique… Pire, des discordes entre scientifiques ont remis en cause des décisions de bon sens au détriment des malades. Le monde n’était pas prêt à une telle pandémie ! Ainsi, des mesures ont été prises et diversement appliquées selon les pays, avec plus ou moins de succès pour tenter de bloquer la propagation du virus : confinement de population, port de masques dans des milieux clos puis même dans les milieux aérés, fermeture des frontières, et quarantaine.

En France, il y a eu un retard de mise en place des campagnes de dépistage qui a inexorablement conduit à une propagation de l’épidémie conséquence de l’absence d’isolement des malades et des cas contacts. Initialement, par méconnaissance de la maladie, les consignes données aux médecins étaient de laisser les patients à domicile et beaucoup sont décédés « d’hypoxémie heureuse » sans parler des nombreux morts dans les maisons de retraites. Les capacités de réanimation n’ont pas été toutes mise à contribution, en particulier dans certaines région, les Agences Régionales de Santé n’ont pas sollicité ou réquisitionné les moyens techniques du secteur privé. Les régions du grand Est et l’Ile de France ont payé un lourd tribu à cette politique conduisant à plus de 350 000 personnes contaminées et plus de 30 000 décès lors de la première vague. Le confinement en France a duré 45 jours et s’est terminé le 11 mai 2020 : il a permis d’obtenir une absence de circulation du virus sur tout le territoire au sortir du confinement. Il a également eu des conséquences négatives, psychologiques et économiques, comme dans tous les pays qui ont pratiqué ce confinement.

La gestion du déconfinement a été un échec dans de très nombreux pays. Imaginons enfermer une population dans une bulle avec plus ou moins d’air : quand, la bulle éclate, les personnes enfermées veulent respirer, échanger, s’amuser et surtout ne plus être contraintes. La conséquence a été un regain de circulation du virus dans les populations les plus festives, permettant au virus de se propager aux populations les plus fragiles. Parallèlement, l’ouverture des frontières et le non contrôle systématique (il a été seulement « proposé ») des passagers provenant de pays abritant de nombreux malades COVID-19 a également participé à la diffusion large du virus sur le territoire national.

Pour illustrer ces phénomènes, Israël, petit pays de 8,8 millions d’habitants ne déplorait que 250 décès au décours de la première vague du printemps 2020. Lors du déconfinement, et pour les raisons précédemment détaillées, Israël a subi de plein fouet ce scenario, amenant à une situation incontrôlable avec plus de 150 000 cas de COVID-19 et 1150 décès ; le gouvernement israélien a pris la mesure politique d’un reconfinement de 3 semaines à partir du 18 Septembre 2020 afin de casser les chaînes de propagation du virus et maîtriser un nouveau déconfinement.
En Argentine, avec plus de 300 000 cas de COVID-19 et 5750 décès, le gouvernement avait instauré dès le 20 Mars 2020 une mesure de confinement ; celle-ci a été poursuivie jusqu’au 30 Août 2020 dans certaines régions du fait d’une recrudescence de l’infection, avec plus de 5000 nouveau cas de COVID-19 par jour.
En Australie, face à la recrudescence du nombre de cas de contaminations (plus de 700 cas en une journée), le re-confinement a été prolongé dans l’état de Victoria (Melbourne et sa région) à partir du 6 août 2020 pour six semaines.

2. AUTOUR DES TESTS DIAGNOSTIQUES : LEQUEL, POUR QUI, POUR QUOI

Quels sont les tests diagnostiques ?

Il existe différents tests diagnostiques de l’infection à SARS-CoV-2. Leur utilisation et leur interprétation varient selon les stades de la maladie. Le diagnostic de l’infection à SARS-CoV-2 repose sur les méthodes classiques en virologie : microscopie électronique, culture du virus, détection du génome viral (PCR), antigènémie et sérologie (détection des anticorps). Mais en pratique quotidienne, seules la PCR et la sérologie sont utiles.

La détection du génome viral (la PCR) : elle fait appel aux techniques classiques d’amplification génique de l’ARN du SARS-CoV-2 (PCR en temps réel). Ce test moléculaire est le seul recommandé pour la détection du génome du coronavirus SARS-CoV-2. Cette technique de RT-PCR permet un diagnostic lors de la phase aiguë du COVID-19. La PCR est réalisée sur des prélèvements nasopharyngés profonds par écouvillonnage, ou des prélèvements des voies respiratoires basses. Il est possible de semi-quantifier la charge virale en mesurant le Ct, qui est inversement proportionnel au nombre de copies d’ARN cible dans l’échantillon [une charge virale forte (1030)]. L’interprétation de ce test est délicate car il peut être faussement négatif chez environ 30% des patients porteurs du SARS-CoV-2 (virus ayant migré des voies aériennes supérieures au niveau pulmonaire).

La détection des anticorps (la sérologie) : les tests sérologiques permettent la détection dans le sang des anticorps (ou immunoglobulines) spécifiques produits par l’organisme et dirigés contre le SARS-CoV-2. Ces tests sont réalisés sur des prélèvements sanguins et témoignent d’une immunité vis-à-vis du SARS-CoV-2, que les patients aient été symptomatiques ou non. Par corolaire, les tests sérologiques identifient les patients étant ou ayant été infectés par le SARS-CoV-2, et permettent de connaître le statut immunitaire de personnes exposées (professionnels de santé par exemple). Ces tests ont aussi une utilité dans le recueil des données épidémiologiques liées au COVID-19 (patients réellement infectés, taux de mortalité…).

Interprétation et cinétique : Les cinétiques de la PCR et la sérologie SARS-CoV-2 en fonction du temps et de la contagiosité sont illustrées sur cette figure :

Après exposition au SARS-CoV-2 commence une phase d’incubation qui dure 5 à 7 jours. Puis les premiers symptômes apparaissent (sauf pour 30 à 40% des personnes chez qui l’infection restera asymptomatique). Les symptômes persistent en moyenne une quinzaine de jours. La PCR mettra en évidence la présence du Sars-cov-2 dans un échantillon nasopharyngé deux à trois jours avant l’apparition des symptômes. En d’autres termes, avant même d’afficher des symptômes, quelqu’un peut transmettre le virus. Quant aux anticorps, ils ne deviennent détectables dans le sang que deux semaines environ après l’apparition des symptômes, grâce au test sérologique.

Combien de temps dure la contagiosité ?

Chez les patients symptomatiques, la contagiosité (excrétion de virus complet et donc contaminant) commence 2 à 3 jours avant le début des symptômes, puis se poursuit pendant la durée des symptômes et au maximum jusqu’à 10 jours après l’apparition des premiers signes (pas de virus cultivable dans les prélèvements après cette date). Chez les personnes asymptomatiques, la contagiosité persiste au plus tard 7 jours après le premier prélèvement PCR positif. Il faut donc bien comprendre qu’une semaine à dix jours après l’apparition des premiers symptômes (toux, fièvre, difficultés à respirer…), la personne malade n’est plus contagieuse c’est-à-dire qu’elle n’excrète plus de SARS-CoV-2 entier contaminant. En revanche, et c’est un piège pour l’interprétation des tests virologiques, la PCR peut rester positive pendant encore plusieurs jours voire semaines. Pour quelle raison ? Parce que cet examen peut encore trouver du matériel génétique viral (ARN) sous forme de « débris » dans le nez, mais pas de virus entier actif.

Les anticorps deviennent détectables dans le sang (sérologie) environ deux semaines après le début des symptômes. Ce test permet de savoir si l’infection est récente, car les immunoglobulines IgM déclinent rapidement, tandis que les IgG se maintiennent plus longtemps. Un taux élevé de ces deux classes d’anticorps indique donc une infection récente; un taux élevé d’IgG sans IgM, qu’elle a eu lieu environ un mois plus tôt. Tout le monde produit-il des anticorps après l’infection à SARS-CoV-2 ? Presque… une étude menée en Islande sur plus de 1200 personnes confirme que 91 % des personnes qui ont été infectées par le SARS-Cov-2 développent des anticorps décelables.

Qui et quand tester ?

Selon les dernières recommandations de la Direction Générale de la santé, en France les catégories de personnes qui doivent bénéficier en priorité d’un test sont les suivantes : (i) personnes ayant des symptômes évocateurs de la COVID-19 : test immédiat ; (ii) personnes ayant été en contact avec une personne malade de la COVID-19, ou ayant été en contact de manière indirecte avec une personne qui s’est retrouvé dans les deux premiers cas : test après 5-7 jours du contact ; (iii) personnel de santé au contact de patients COVID-19 : test après 5-7 jours du contact.

Que doit-on faire si l’on a été en contact avec une personne positive au coronavirus ?

S’isoler pendant 7 jours, et pratiquer des tests 7 jours après le contact à risque ou plus tôt si des signes cliniques de COVID-19 apparaissent. Signaler son statut à son entourage proche pour qu’il applique les mêmes règles.

Que doit-on faire si l’on a été en contact avec une personne qui a été en contact avec une personne positive sans l’être elle-même ?

Porter un masque et redoubler de vigilance dans les mesures barrières auprès de son entourage pendant huit jours. Si des signes cliniques évocateurs de COVID-19 apparaissent, faire immédiatement des tests.

3. LA DEUXIEME VAGUE : MYTHE OU REALITE ?

Les médecins ne semblent pas d’accord sur cette question alors même que les autorités appellent à un regain de prudence.  

Il faut s’entendre sur la définition de la seconde vague. S’il s’agit de savoir si le SARS-CoV-2 circule dans une population, le débat est stérile car balayé par la réalité. Il suffit de constater les chiffres de PCR positives dans les pays qui ont pratiqué le confinement puis un déconfinement « anarchique » : en France plus de 10 000 cas par jour, en Israël plus de 5000 cas par jour. Le deuxième niveau est celui du nombre d’hospitalisations: celui-ci augmente notablement depuis quelques jours dans de nombreuses régions en France, incluant des formes graves entrant en réanimation. Concernant la mortalité en France, entre juin et mi-septembre 2020, le nombre de morts liés au COVID-19 se situe entre 5 et 30 par jour versus au pic du printemps près de 1000 morts par jour.

4. PERSONNES ASYMPTOMATIQUES 

En sait-on désormais davantage sur leur capacité à contaminer les autres ?

Comme indiqué dans le schéma, il est actuellement établi que les patients symptomatiques peuvent contaminer d’autres sujets deux à trois jours avant l’apparition des symptômes cliniques. Il est probable (mais indémontrable !) que les patients asymptomatiques peuvent transmettre le virus dans la semaine qui suit leur contamination après exposition au virus. Ce phénomène et la grande fréquence des formes asymptomatiques (30-40%) rendent particulièrement difficile la lutte contre ce virus, y compris avec les mesures d’isolement.

5. PRISE EN CHARGE DE LA MALADIE COVID19

Connaît-on, et maîtrise-t-on, désormais totalement la COVID-19 ?

Nous avons appris à nos dépends à mieux connaitre ce virus ; mais il serait présomptueux d’écrire que nous maîtrisons la COVID-19. Il est indéniable que les efforts déployés par la communauté scientifique mondiale ont permis de faire un pas de géant, en quelques mois seulement, depuis la découverte du virus dans les domaines de l’épidémiologie, des chaînes de transmission, du diagnostic, de la physiopathologie, de la symptomatologie clinique et de la prise en charge thérapeutique.

Sait-on la soigner ?

Partiellement, nous avons appris à mieux appréhender les conséquences hémodynamiques et ventilatoires de l’infection virale ainsi que la réponse immunitaire parfois explosive qui surviennent chez certains patients et font la gravité de la maladie. Ainsi, outre l’assistance respiratoire, les traitements anticoagulants et les corticoïdes font partie des traitements recommandés de la COVID-19. Il faut souligner que malgré le déploiement de plus de 2500 essais thérapeutiques, évaluant de nouveaux médicaments ou de médicaments repositionnés, aucune molécule n’a démontré une efficacité majeure pour le traitement de la COVID-19 (excepté le remdesevir, seulement chez les patients graves et avec une efficacité très limitée).

Quand peut-on espérer la distribution d’un vaccin ?

De (trop) nombreuses communications, notamment par des politiques ( !) ont annoncé l’arrivée « prochaine » d’un vaccin. La réalité scientifique est très différente : le développement et la distribution d’un vaccin efficace et bien toléré anti-SARS-CoV-2 prendront encore de nombreux mois… voire années. Il n’est donc pas certain que ce futur vaccin ait un véritable impact sur la pandémie actuelle.

Les principaux objectifs d’une stratégie vaccinale contre le COVID-19 sont de :

1) réduire la morbi- mortalité associée à la COVID-19 : impact attendu de la vaccination sur les décès, les formes graves, les hospitalisations notamment en soins intensifs;

2) réduire la diffusion de l’épidémie : impact attendu de la vaccination sur les infections;

et 3) maintenir les besoins vitaux de fonctionnement du pays : impact attendu de la vaccination sur les infections des personnels dont l’activité est jugée essentielle à la collectivité. Les décisions devront également intégrer l’évolution de nombreux autres paramètres : l’épidémie dans la population française au moment de la mise à disposition des vaccins et de ses conséquences sanitaires ; les caractéristiques et le rapport bénéfice/risque des vaccins au moment de la mise à disposition ; l’immunogénicité selon les différentes classes d’âge et groupes à risque ; l’efficacité vaccinale selon les différentes classes d’âge et groupes à risque ; l’effet du vaccin sur la contamination et la transmission de l’infection ; et la sécurité des vaccins dans les différentes classes d’âge et groupe à risque.

Où en sommes-nous ?

A la fin de l’été 2020, parmi les 200 candidats-vaccins en cours d’étude, seuls deux ont démontré une capacité à déclencher une forte réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2. Le sérum développé par l’université d’Oxford avec le groupe pharmaceutique AstraZeneca a été testé sur 1077 volontaires, âgés de 18 à 55 ans. Le second candidat a été testé à Wuhan par des chercheurs sur 508 volontaires, âgés de 18 à 83 ans. Ces deux vaccins ont généré la production d’anticorps neutralisants anti-SARS-CoV-2 chez 85 à 90% des sujets (les taux d’anticorps étaient moins élevés chez les sujets de plus de 55 ans). Maux de tête, fièvre, fatigue et douleur au point d’injection du vaccin ont été les effets secondaires les plus observés (60% des sujets).

En vue d’une commercialisation, l’efficacité et la sécurité de ces vaccins doit être établie dans des essais à plus grande échelle (phase 3). Toutefois, le laboratoire AstraZeneca a annoncé mardi 8 septembre 2020 la suspension de la phase 3 de l’essai clinique de son vaccin, suite à l’apparition d’une « maladie potentiellement inexpliquée » chez un volontaire au Royaume-Uni puis d’une possible reprise. Le vaccin ARN de la société américaine Moderna, entré en phase 3 fin juillet, doit être inoculé à 30 000 personnes aux Etats-Unis, dont la moitié recevra un placebo. Les équipes de recherche suivront ensuite les sujets pendant deux ans pour déterminer s’ils sont protégés contre une infection par le SARS-CoV-2, et s’il empêche les formes graves de COVID-19. 

Que ferons-nous à partir du moment où un vaccin sera disponible ?

Plusieurs avis préliminaires ont été publiés par certains pays pour définir les populations prioritaires éligibles à la vaccination (ECDC pour la Commission Européenne, ACIP aux Etats-Unis, JCVI au Royaume-Uni, Conseil supérieur de la santé en Belgique, Haut Conseil de la santé publique en France). Sachant les incertitudes nombreuses sur la maladie COVID-19 et les caractéristiques des candidats vaccins en cours de développement, ces avis préconisent de vacciner en priorité les professionnels de santé et les professionnels d’activité essentielle, ainsi que les personnes à risque de développer une forme grave de la maladie en raison de leur âge ou de la présence de comorbidités. En France, sont considérées «en toute première priorité» : les populations à risque d’exposition professionnelle, avec une « priorité très élevée » concernant « les personnels de santé les plus exposés par leur métier/activité et les professionnels au contact de personnes les plus vulnérables » ; « les personnes à risque du fait de leur âge ou de leur état de santé et en particulier les personnes de 65 ans et plus » (sous réserve d’un vaccin efficace chez les personnes âgées), « les personnes de moins de 65 ans souffrant de pathologies chroniques, les obèses » ; « les personnes vivant en situation de grande précarité ».

D’autres populations sont considérées « en seconde priorité » : « les populations des départements et régions d’outre-mer en cas de pénurie de lits de réanimation (et n’appartenant pas aux groupes déjà priorisés) » et, « les personnes vivants dans des établissements fermés à risque accru de transmission (prisons, établissements pour personnes en situation de handicap, établissements psychiatriques) », « les personnels ayant un emploi stratégique (à titre d’exemple, policiers, pompiers, militaires actifs

S’il semble pour l’instant la meilleure option, le vaccin ne sera pas forcément la seule et unique solution, selon l’OMS, d’autant qu’une mutation du virus pourrait le rendre inefficace.

6. CONCLUSION

Comment voyez-vous la suite de cette épidémie et en particulier les mois qui viennent ?

Il y a eu beaucoup d’experts « pseudo-visionnaires » et de modélisateurs qui ont essayé en vain de répondre à cette question. Il est certain que nous allons devoir à nous habituer à vivre avec ce virus au minimum quelques mois, avec les  conséquences au niveau des mesures barrières qui perdureront. Il faut d’ailleurs noter que ces mêmes mesures auront des effets bénéfiques sur la protection vis-à-vis d’autres maladies transmissibles telles que la grippe, le virus respiratoire syncitial ou les gastroentérites. La question de l’immunisation collective peut devenir à nouveau d’actualité à l’occasion de cette recrudescence de patients infectés permettant l’obtention d’une protection naturelle.

Avez-vous des conseils à ajouter ?

Par rapport au début de la pandémie, nous sommes mieux préparés à la prise en charge des patients. Mais il reste encore beaucoup trop d’invidualisme politique, médical et scientifique dans cette course contre la COVID-19 qui ne peuvent que ralentir la guerre contre ce virus. Il est urgent d’organiser une réunion des grands dirigeants de notre planète avec les scientifiques experts afin de coordonner cette lutte et gagner ce combat qui menace l’humanité.

Pr Patrice Cacoub, Département de Médecine Interne et Immunologie Clinique. Hôpital La Pitié-Salpêtrière et Sorbonne Université. Paris, France.

Dr Philippe Halfon, Département de Médecine Interne et de Maladies Infectieuses. Hôpital Européen – Laboratoire Alphabio. Marseille, France.